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火山圖是一種用于差異表達(dá)分析（如RNA-seq、蛋白質(zhì)組學(xué)）的可視化工具，能夠直觀展示基因/蛋白的表達(dá)變化倍數(shù)（logFC）和統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性（pValue）。

在非靶向代謝組學(xué)研究中，火山圖是一種非常實(shí)用且常見(jiàn)的一種圖。

火山圖是散點(diǎn)圖的一種，主要是通過(guò)差異倍數(shù)(Fold Change)和P值結(jié)合的方式來(lái)展示篩選的差異代謝物。通過(guò)這種作圖形式展示，能夠方便直觀地展示兩個(gè)樣本之間的差異表達(dá)分布情況。

火山圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)代謝物，橫坐標(biāo)代表該組對(duì)比各物質(zhì)的倍數(shù)變化（取以2為底的對(duì)數(shù)），縱坐標(biāo)表示student's t檢驗(yàn)的P-value（取以10為底的對(duì)數(shù)），散點(diǎn)大小代表OPLS-DA模型的VIP值，散點(diǎn)越大VIP值越大，篩選得到的差異表達(dá)代謝物越可靠。圖中綠色的點(diǎn)代表下調(diào)差異表達(dá)代謝物，紅色的點(diǎn)代表上調(diào)差異表達(dá)代謝物，黑色代表檢測(cè)到但差異不顯著的代謝物。

 火山圖的實(shí)際應(yīng)用場(chǎng)景 

疾病標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)：識(shí)別與特定生理或病理狀態(tài)相關(guān)聯(lián)的新型潛在生物標(biāo)志物。

發(fā)現(xiàn)差異代謝物：比較不同組別（如健康vs 疾病、處理 vs 對(duì)照、不同基因型）樣本的代謝譜，找出具有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著差異的代謝物（無(wú)論其身份是否已知）。

代謝通路富集分析：將差異代謝物映射到KEGG代謝通路，進(jìn)行富集分析，識(shí)別顯著富集的通路（如氨基酸代謝、TCA循環(huán)）。

 火山圖與其他分析的結(jié)合 

PCA圖：展示樣本間的總體代謝差異（組內(nèi)變異度）。

OPLS-DA圖：通過(guò)VIP值篩選差異代謝物，結(jié)合火山圖進(jìn)一步驗(yàn)證顯著性。

通路分析：差異代謝物富集到特定通路，揭示疾病相關(guān)機(jī)制。

 繪制火山圖的工具與方法 

MetaboAnalyst 等平臺(tái)

Python/R代碼

 斯坦德科研事業(yè)部

非靶向代謝組學(xué)服務(wù)優(yōu)勢(shì)

多平臺(tái)覆蓋能力

LC-MS：主力平臺(tái)Q-Exactive HF，覆蓋極性/中等極性代謝物。

GC-MS：揮發(fā)性代謝物及衍生化化合物。

雙平臺(tái)互補(bǔ)方案：提供LC-MS+GC-MS聯(lián)合分析，代謝物覆蓋度提升40%+。

樣本要求

組織/器官、糞便、腸道內(nèi)容物：生物學(xué)重復(fù)3-6組，建議送樣量500mg，最低送樣量200mg，送樣條件：液氮速凍，干冰寄送。

血清、血漿：生物學(xué)重復(fù)3-6組，建議送檢量0.5mL， 最低送檢量0.1mL，送樣條件：液氮速凍，干冰寄送。

尿液、乳汁、腦脊液、淋巴液、唾液、汗液、血淋 ：生物學(xué)重復(fù)3-6組，建議送檢量0.5mL， 最低送檢量0.2mL，送樣條件：液氮速凍，干冰寄送。

關(guān)于斯坦德科研事業(yè)部